Ένας λαβύρινθος εξουσιών και επιδρομών στη μεσαιωνική Φθιώτιδα
Μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης το 1204 από τους Σταυροφόρους της Δ' Σταυροφορίας, ξεκίνησε μια ταραχώδης περίοδος για την κεντρική Ελλάδα. Οι Φράγκοι ηγεμόνες, υπό τον Λομβαρδό Βονιφάτιο του Μονφερράτου, διεκδίκησαν τις νότιες περιοχές του Βυζαντίου. Ο Λέων Σγουρός, ηγεμόνας του Ναυπλίου, προσπάθησε να τους αντισταθεί, αλλά ηττήθηκε στη Φθιώτιδα. Στην περιοχή δημιουργούνται δυτικές φεουδαρχικές ηγεμονίες:
- Η Βαρωνία του Ζητουνίου (Λαμία - Στυλίδα), αρχικά στους Ναΐτες Ιππότες (1204–1218)
- Η Μαρκιωνία της Βοδονίτσας (Μενδενίτσα), στον οίκο των Παλαβιτσίνι
- Το Δουκάτο Αθηνών, των Βουργουνδών ντε Λα Ρος, που περιλάμβανε και τη Φθιώτιδα
Αντίσταση και επιστροφή στη βυζαντινή κληρονομιά
Το 1218, οι Θεόδωρος Κομνηνός Δούκας και το Δεσποτάτο της Ηπείρου απελευθερώνουν τη Λαμία και την Υπάτη, οι οποίες θα ανήκουν στο δεσποτάτο μέχρι το 1271. Η περιοχή όμως δέχεται βουλγαρικές επιδρομές (1230, Ιβάν Ασέν Β') και, με τη διάσπαση του δεσποτάτου, ιδρύεται το Δουκάτο των Νέων Πατρών με πρωτεύουσα την Υπάτη.
Το δουκάτο εκτεινόταν από τον Όλυμπο μέχρι τον Αχελώο και από τον Παγασητικό και τον Μαλιακό μέχρι τον Κορινθιακό κόλπο. Το 1275, η Λαμία δίνεται ως προίκα στην Ελένη Δούκαινα από τον Ιωάννη Α' Κομνηνό-Δούκα στους ντε Λα Ρος, σε αντάλλαγμα στρατιωτικής βοήθειας.
Καταλανική κυριαρχία και επιδρομές
Το 1311, οι Καταλανοί μισθοφόροι νικούν τους Φράγκους στη Μάχη του Αλμυρού και δημιουργούν το Δουκάτο Αθηνών και Νέων Πατρών, με πρωτεύουσες Θήβα και Υπάτη. Η Λαμία εντάσσεται στην Κομητεία των Σαλώνων, ενώ η Πελασγία περνά αργότερα στους Βενετούς.
Η περίοδος 1319–1391 είναι γεμάτη αστάθεια, με επανειλημμένες επιδρομές από Αλβανούς (1320, 1365), Σέρβους (1341), Οθωμανούς (1363), και ακόμα και από Ισπανούς Ναβαρραίους (1380). Η Σερβική απειλή μεγαλώνει μετά το 1348 με την προέλαση του Στέφανου Ντούσαν.
Ο Ιταλικός και Οθωμανικός ζυγός
Το 1388, το δουκάτο περνά για λίγο στους Φλωρεντινούς Αντζαγιόλι, που καταλαμβάνουν την Υπάτη και τη Λαμία (1390–1391). Όμως, η Οθωμανική Αυτοκρατορία υπό τον Βαγιαζήτ Α’ βάζει τέλος σε κάθε δυτική επιρροή το 1393, εγκαινιάζοντας τη μακρά περίοδο της τουρκοκρατίας.
Μικρές αναλαμπές αντίστασης εμφανίζονται:
- Η Συνθήκη της Καλλίπολης (1403) φέρνει για λίγο ξανά τη Λαμία στο Βυζάντιο
- Η άμυνα του Στραβομύτη Καντακουζηνού το 1423–1424 ενάντια στους Τούρκους
- Η προσπάθεια του Κωνσταντίνου Παλαιολόγου (1444–1446) να επεκτείνει τη βυζαντινή επιρροή
Μετά τη Μάχη της Βάρνας (1444), η Λαμία πέφτει οριστικά στα χέρια των Οθωμανών (1446), ενώ το 1470, με την πτώση της Χαλκίδας, ολόκληρη η Φθιώτιδα τίθεται αμετάκλητα υπό τουρκική κατοχή έως την Επανάσταση.