Η Ηράκλεια Τραχινία ιδρύθηκε το 426 π.Χ., εν μέσω της θύελλας του Πελοποννησιακού Πολέμου, από τους Σπαρτιάτες, στην περιοχή της αρχαίας Μαλίδας. Σκοπός της ίδρυσης ήταν διπλός: αφενός να ενισχυθούν οι Μαλιείς ενάντια στους εχθρικούς Οιταίους, αφετέρου να εξυπηρετηθούν οι στρατηγικές ανάγκες της ίδιας της Σπάρτης στον αγώνα της ενάντια στην Αθήνα. Όπως χαρακτηριστικά σημειώνει ο Θουκυδίδης, η τοποθεσία της Ηράκλειας προσέφερε στους Σπαρτιάτες έλεγχο σε ένα κομβικό πέρασμα από τη νότια προς τη βόρεια Ελλάδα, καθώς και ασφαλές καταφύγιο για τον στόλο τους.
Η πόλη αποικίστηκε κυρίως από Δωριείς, οι οποίοι προσκλήθηκαν από τη Σπάρτη για να κατοικήσουν στη νέα αποικία. Χάρη στη σπαρτιατική υποστήριξη και στην κομβική γεωγραφική της θέση, η Ηράκλεια αναπτύχθηκε ταχύτατα και μετατράπηκε σε ισχυρό πόλο της περιοχής. Αυτή η ανάπτυξη προκάλεσε ανησυχία στους Θεσσαλούς, οι οποίοι μέχρι τότε κυριαρχούσαν στην εύφορη κοιλάδα του Σπερχειού.
Το 420 π.Χ., μόλις έξι χρόνια μετά την ίδρυσή της, η Ηράκλεια πολιορκήθηκε από συμμαχία γειτονικών κρατών με επικεφαλής τους Θεσσαλούς. Η πολιορκία αυτή έθεσε σε κίνδυνο τη σπαρτιατική παρουσία στην περιοχή. Οι Σπαρτιάτες, προκειμένου να αποφύγουν την κατάληψη της πόλης από την Αθήνα, επέλεξαν να την παραδώσουν στους Βοιωτούς, με τους οποίους διατηρούσαν συμμαχικές σχέσεις.
Στους επόμενους αιώνες, η Ηράκλεια γνώρισε αλλεπάλληλες αλλαγές κυριαρχίας. Πέρασε στα χέρια των Θεσσαλών, αργότερα των Οιταίων και τελικά έγινε μέλος της Αιτωλικής Συμπολιτείας. Η πολιτική της ανεξαρτησία έληξε οριστικά κατά την εποχή της Ρωμαϊκής κατάκτησης, όταν ολόκληρη η περιοχή εντάχθηκε στη ρωμαϊκή διοικητική δομή.
Η Ηράκλεια Τραχινία υπήρξε ένα χαρακτηριστικό παράδειγμα της σπαρτιατικής αποικιακής στρατηγικής: πόλη-φρούριο με πολιτικό και στρατιωτικό ρόλο, σύμβολο εξουσίας σε εχθρικά εδάφη, που συνδέθηκε άρρηκτα με τα γεωπολιτικά παιχνίδια της κλασικής εποχής. Σήμερα, τα απομεινάρια της θυμίζουν το παρελθόν ενός τόπου που βρέθηκε στο σταυροδρόμι των μεγάλων δυνάμεων του αρχαίου κόσμου.